在我国经济加快速度进行发展过程中，特别是精准扶贫脱贫攻坚几年来，畜牧业发挥了很重要的推动作用，同时也是我国农业发展中的重要组成部分，在我国农村经济实现高效发展中，畜牧业也具有十分重要的意义。近年来，随着我们国家经济的高速发展，畜牧业在我国的数量及建设规模也慢慢变得大，但大多数的养殖方式依然采用的是传统养殖方式。这种养殖方式已经没办法满足现代畜牧业发展的需求，还会引起各种问题的出现，所以，目前最重要的任务就是进一步加快畜牧养殖业的转型升级，通过转型升级进一步提高畜牧业的质量，进而为养殖户创造更多的经济效益，促进畜牧业的高效及稳定发展。
1.畜牧业结构优化方面。当前，通过分析畜牧业的实际发展情况可以发现，大部分的畜牧养殖企业，其养殖规模都不大，产业化程度不高，而且其养殖过程中的饲养技术也不是非常的科学合理。而这些养殖的方式，会降低养殖户的销售质量。比如，很多养殖企业，其在销售过程中，一般是直接对外进行销售，不具备畜牧业产业化发展的意识，进而其效益就会比较低。另外，养殖方式传统，缺少科学生态养殖意识，进而使得牲畜生长过程中容易出现各种养殖和环境风险，一旦发生风险，会给养殖者和社会环境带来严重的经济损失。因此，在畜牧业结构优化方面，也是其转型升级中的一个难点问题。
2.生物安全方面。当前，很多农村小散养殖户的养殖方法还是采用的传统养殖方式，在饲养过程中，很多养殖户的生物防治意识都不高。如在饲养生猪过程中，很多散小养殖户习餐厨剩余物进行喂养，人畜混居情况依然普遍存在，动物疫病防治意识淡泊，容易引发生物安全事件。由于交通运输、物流、电子商务、网购等的不断涉及各行各业，给动物卫生监督、动物疫情防控提出了新的困难和问题。如近来发现网上有仔猪、牛犊、羊羔等牲畜售卖，供方直接通过物流渠道送达，过程中没有经过任何检疫，这是动物疫病传播的又一大隐患。还有一些养殖户在遇到疫情时，为了减少损失，不顾生物安全，低价出售染疫动物，造成疫情的扩散和漫延。
3.畜产品质量方面。有一些养殖户为了经济利益，在养殖过程中不顾国家法律法规，滥用激素、抗生素来促进猪的生长或者使用国家禁用兽药，这样就会给畜产品的正常生长带来一定的影响，而且，畜产品长时间受激素、药物的污染，会给畜产品带来严重的质量安全。这样，在人们食用的时候，也会给人体带来一些危害。虽然目前我国针对这个问题，专门设立了畜产品定点屠宰场所，但是，目前大部分县级定点屠宰场主要针对的是生猪，由于动物卫生监督执法队伍人员少，需要监督管理的范围广，工作很难面面俱到。所以还是有很多养殖户，特别是偏远县，由于冷链物流还未能完成最后几十公里，乡镇村还是没能打通，其为了减少成本，私屠滥宰行为时有发生，这样的畜产品质量无法保障。而且，很多畜产品的养殖都是在一些偏远的地区，这些地区其医疗卫生等技术比较缺乏，进而使得畜牧产品养殖存在不标注化，使得其质量问题愈发严重。
4.畜牧业对环境污染方面。目前，很多养殖户，特别是一些200头以内的生猪养殖小规模户、养殖场，在养殖过程中都缺乏完善的排污系统，不能对牲畜养殖粪污进行规范的处理，有一部分养殖户会直接将牲畜的粪污直接外排，给周围的环境和空气带来了一些污染，严重影响了人们生存的环境。而且很多养殖户的科学养殖意识都不高，废物利用能力也比较低，而且加上畜牧监督政策也不健全，这些在一定程度上都会给畜牧业转型升级带来一些困难。
1.对畜牧也结构进行科学优化。畜牧业在发展过程中，要想快速的实现转型升级，形成现代化、科学的产业结构，就要对其产业结构进行科学的优化。首先，要先对畜牧养殖户的思想进行转变，让畜牧养殖户真正的认识到科学养殖的重要性，具体做法，需要加强畜牧养殖的宣传力度，让养殖户学习科学先进的养殖技术，使养殖实现标准及统一化的管理。其次，要想加快养殖业的发展速度，还要加快畜牧产业链的快速发展，让畜牧业其从开始的生产，一直到最后的销售，形成一个完整的产业链，建立属于自己的养殖品牌，提高用户的农户的经济效益。再次，针对一些相对偏远的养殖场、小散养殖户，可以通过结合农技推广、农村科技服务等给予现场指导或安排专业人员来进行监督，定期给养殖户进行培训，提高畜牧养殖的科学性，进而有效的推进畜牧业的转型升级。
2.加强畜牧业监管力度。在加快畜牧业转型升级过程中，最关键的是畜产品的质量，所以，针对养殖方面需要加大对其的监管力度，特别是畜产品污染监督方面。加强对畜产品质量的检测监督，保障畜产品流入市场时符合相关质量标准。针对一些不符合标准的企业，相关部门要严厉进行打击，同时开展相应的处罚机制。多对畜产品监管机制进行不断的优化和完善，制定严格的兽药及饲料添加标准，并定期进行检查，保障畜牧产品的质量。此外，环境监管部门，针对畜产品排污处理，首先，加大对畜牧业生产企业的生产管理的宣传力度，提升养殖户对相关知识的认知，让其明确畜牧业生产所能造成的环境污染问题，从而将污染问题扼杀在源头处。其次，采用规模化养殖方式。动物粪便是造成土壤污染的主要因素，如何做到合理化管理，采用规模化养殖是非常有必要的一件事。这样不但能够实施畜禽粪污收集科学处理，还能对其生产环境进行有效的控制。相反，如果采用零散的养殖方式，一旦养殖规模和数量超过区域自然环境的承载力，自然环境净化、消化能力不足以满足养殖规模的要求，将会对自然环境造成污染和损害，以上优势是很难实现的，对畜禽类物种进行散养，不但加大其粪便对空气的污染的，并且还对牧草资源造成威胁。尽管，牧草资源可以再生，但是其生产的速度远远不能追上畜禽的养殖需求，倘若这一现象得不到及时的整治，那么其草场资源的损耗以及畜禽类生长环境的污染会大大加剧。最后，还需要管理好畜禽的养殖环境，保持畜禽生长环境的清洁性，将其产出的粪便进行科学的处理，如粪便的分类收集，然后经过发酵处理，消除粪便中隐藏的细菌及微生物，之后，再将其作为农作物肥料进行储藏和使用，使资源实现再利用，变废为宝，进而使畜牧业实现环保及绿色发展，促进畜牧业的转变发展方式与经济转型，满足现代畜牧业的发展需求。
3.坚持科学发展观念。畜牧业转型升级过程中，要想形成现代化的畜牧业，就要保障畜产品在各个环节的科学性。比如防控、养殖、动物卫生监督等环节方面，要科学的进行开展，同时要把生态绿色作为基础。然后针对已经建设完成的养殖场，结合其实际发展状况，有针对性地制定科学的管理及养殖方式，促进其转型与升级。对还没建设完成的养殖场，相关部门在其建设之前，结合养殖的品种和规模等，科学合理选择养殖区域，促进畜牧业的转变发展方式与经济转型。同时，要提高养殖户的科学管理理念，加强其科学的防控及养殖意识，使养殖户在科学健全的管理下，通过应用先进的技术，提高养殖的标准化发展，进而促进畜牧业的转型与升级。
5.大力发展低碳畜牧业。畜牧业虽然是人们的生产活动重要组成部分，对社会的发展也起着重要的推动作用，但在长期发展中，对环境、人类、自然造成较大影响，所以在当下，加快畜牧业进行转变发展方式与经济转型，推行低碳畜牧业是十分必要的。
首先，低碳畜牧业的发展，需要在思想上进行优化，思想上的优化，就是需要各畜牧个体和群体。在养殖过程中，应优化自身的养殖理念，更加注重低碳养殖的重要性，并且要树立起畜牧养殖业废物随时处理，并尽可能循环利用的意识。通过这种理念和思想上的发展，首先为低碳畜牧业的推广和发展打下基础，便于后续实际行动的进行。
其次，低碳畜牧业的实施，要注意加强对污染的处理力度。对污染的处理力度，就是要求相关的单位在生产的过程中，加强对养殖中污染物的处理。一般来说，对污染物的处理主要有两方面手段，一种是由养殖场主进行自行的牲畜排泄物收集和储存，主要应用于沼气发电。而另一种，则是由政府牵头，对各养殖场产生的排泄物进行收集和集中处理，集中处理可以用作天然肥料的提取、沼气发电等。而不论是哪种方式的应用，污染治理力度的加大，都需要政府部门加强管理和引导，并做好监督工作，并在技术和政策上给予支持，保障畜牧业废物的良好处理。
再次，对生产方式合理规划。生产方式的合理规划，也是低碳畜牧业发展和实施的必要手段。具体来说，就是在畜牧业生产过程中，对养殖方式进行合理的管制和控制。而对于生产养殖方式的合理规划控制，一方面需要在养殖过程中，将养殖场远离人口稠密地区和水源上游，以此减少传染病的发生几率和对民众用水的污染。另一方面，还需要合理的规划养殖面积，要避免养殖面积过大，对当地生态环境造成影响和负担。
综上所述，当前我国畜牧养殖业在转型与升级过程中，存在很多难点问题，比如畜牧业结构优化、畜牧产品质量、畜牧业对环境所造成的污染等，同时传统的养殖方法，不仅制约了畜牧业的发展，也降低了养殖户的经济效益。所以，在这种情况下，需要各有关部门和单位对畜牧业转型与升级重视起来，通过制定科学的政策和发展措施，为畜牧业养殖户提供科学的管理方法，使畜牧也养殖实现现代化的管理，应用现代化的养殖技术，促进畜牧业实现现代化的良好发展。同时，相关部门针对畜产品质量方面，也要不断加强监督管理力度，对畜牧业给环境所带来的污染进行严格的控制和管理，保障畜牧业在发展过程中，始终坚持科学发展观念，促进畜牧业的转型与升级。